Drugą formą eksploatacji jest wybieranie wgłębne. Dokonuje się mechanicznego wykopu do głębokości 70 cm. Formowane "cegiełki" torfowe wywozi się z terenu eksploatacji. Taka przemysłowa eksploatacja tortu na najcenniejszym obszarze Puścizny Wielkiej trwa od 1948 roku. Obszary eksploatowane to tzw. "potorfia" niczym nie przypominają torfowisk. To raczej krajobraz księżycowy. Pojawiające się rośliny nie tworzą określonych zbiorowisk, występują pojedynczo w niewielkich ilościach. Są to: wrzos zwyczajny, płonnik pospolity, wełnianka pochwowata oraz pijanica, czyli borówka bagienna. Występowanie tych roślin świadczy o zachwianiu równowagi wodnej, obniżeniu się poziomu wód gruntowych i osuszeniu terenu. Ekolodzy przewidują, że jeśli nie uda się zaprzestać dzikiego pozyskiwania torfu i nie zasypie się całego systemu rowów odwadniających, za 20-30 lat torfowiska wysokie przestaną istnieć na tym terenie.

Miejscowa ludność jest przeciwna wprowadzeniu ochrony torfowisk. W 1994 roku gminy sprzeciwiły się koncepcji powołania parku krajobrazowego. Jedyny rezerwat na torfowiskach znajduje się na terenie nadleśnictwa Nowy Targ. Rezerwat ścisły "Bór na Czerwonem" liczy prawie 50 ha. Torfowiska nie są również udostępnione turystycznie, brak tu oznaczonych szlaków pieszych czy ścieżek dydaktycznych.

Obszary torfowiskowe są własnością gruntową wspólnot wiejskich, tzw. "urbarów" i indywidualnych właścicieli. Porozumienia w sprawie ochrony torfowisk muszą zostać zaakceptowane przez właścicieli, jak i władze samorządowe gmin. W ochronie torfowisk chodzi o partnerski układ właścicieli gruntów i władz ochrony przyrody. Ochrona ta może opierać się na wspólnotach ("urbarach")‚ ale państwo musi na ten cel przeznaczyć stosowne środki finansowe. Wspomagałyby one określone zadania ochronne, realizowane przez wspólnoty wiejskie i samorządy gminne. Nie jest możliwy całkowicie dobrowolny wykup torfowisk przez władze ochrony przyrody w celu objęcia ich ochroną rezerwatową. Konieczne jest więc finansowanie programu stopniowego wprowadzania ochrony, za zgodą właścicieli gruntów i przy odnoszeniu przez nich z tej ochrony długoletnich korzyści.

Ochronie obszarów torfowiskowych muszą towarzyszyć działania edukacyjne. Powinny brać w nich udział władze ochrony przyrody, organizacje społeczne, szkolnictwo, jednostki naukowe, zrzeszenia kulturowe oraz parafie. Potrzebne jest szerzenie zamiłowania do ocalonego dziedzictwa przyrody, zamiłowania do wiedzy, kultury i tradycji związanej ze spuścizną przyrodniczą Orawy i Podhala.