Jaskinie w Tatrach występują w wapieniach triasu środkowego, jury górnej i kresy dolnej. Głównie rozwinęły się w okresach topnienia lodowca (w interglacjałach), gdy ilość wody była największa.

Jaskinie tatrzańskie nie są rozrzucone i skupiają się w pewnych określonych sytuacjach morfologicznych.

I grupa to jaskinie, których otwory znajdują się na zboczach erozyjnych form glacjalnych, głównie cyrków, w podszczytowych partiach wapiennych masywów. Są to jaskinie pionowe, z licznymi studniami, a partie bardziej poziome występują w dolnych częściach tych systemów. Jaskinie te zostały rozmyte przez wodę spływającą z lodowca do pionowych szczelin. Szczeliny ulegały dodatkowo rozwieraniu na skutek odprężenia górotworu przy pogłębianiu się dolin i odciążeniu przez wytopienie lodowca. Do jaskiń I grupy należą m.in. Wielka śnieżna, Ptasia Studnia.

II grupa to jaskinie położone na zboczach dolin, na różnej wysokości w stosunku do dna doliny, aż do około 250 m. Jaskinie te są przeważnie poziome lub typu pośredniego, spotyka się w nich często żwiry allochtoniczne. Tworzyły się jako podziemne przepływy potoku płynącego dnem doliny. W jaskiniach tatrzańskich wydzielono 11 pięter - poziomów związanych z zahamowaniem erozji, występujące na różnych wysokościach. Występowanie pięter i żwirowisk na różnych wysokościach nad dnem współczesnej doliny wskazuje na stopniowe podnoszenie się Tatr i co za tym idzie na wzmożoną erozję dna dolin. Obecnie jaskinią tego typu jest Jaskinia Wodna pod Pisaną, Rybia, Wodna pod Raptawicką, które tworzy przepływający przez nie potok. Do jaskiń II grupy należą wszystkie jaskinie poziome i jaskinie typu pośredniego występujące w Tatrach m.in. Czarna, Zimna, Mylna, Kasprowa Niżna.

Późniejsze ruchy neotektoniczne spowodowały połączenie poszczególnych różnowiekowych poziomów (pięter) jaskiń przez studnie i kominy. Powstały jaskinie typu pośredniego.