Zakopane leży w strefie klimatu górskiego, charakteryzującego się niską średnią temperaturą roczną (5,1°C). Najchłodniejszym miesiącem jest styczeń (-4,5°), najcieplejszym lipiec (+14,5°).

Poszczególne części miasta różnią się zdecydowanie pod względem klimatycznym, co zależy od wyniesienia nad poziom morza i lokalnego układu orograficznego. W związku z faktem, że Zakopane leży w wąskiej kotlinie między Tatrami a Gubałówką, zjawiskiem często spotykanym od późnej jesieni do wczesnej wiosny jest inwersja temperatury - najniższe punkty miejskiej części Zakopanego mają średnią roczną temperaturę o 1 stopień niższą niż najwyższe: zimne powietrze, jako cięższe, opada w dół i utrzymuje się w najniższych punktach kotliny. Różnica temperatur między Zakopanem, a szczytem Kasprowego Wierchu w zimowe dni może wynosić nawet kilkanaście stopni.

Popularne porzekadło głosi, że na Podhalu jest 10 miesięcy zimy, a reszta samo lato. Klimatologicznie rzecz biorąc, w Zakopanem jest jeszcze gorzej: tutaj lata, czyli pory roku, charakteryzującej się średnimi temperaturami dobowymi wyższymi niż 15°C, zasadniczo w ogóle nie ma. Okres między końcem kwietnia, a połową października to jedna pora roku, łącząca wiosnę z jesienią. Zima trwa około 120 dni - wtedy średnie temperatury dobowe utrzymują się poniżej zera.

Kotlina zakopiańska jest mocno zawilgocona, a deszcz jest może najczęściej spotykanym zjawiskiem atmosferycznym pod Gubałówką: roczna suma opadów dla Zakopanego wynosi średnio 1100 mm. Najwięcej opadów jest w czerwcu i lipcu, najmniej - w lutym. Średnia liczba dni z opadami w ciągu roku wynosi 187, czyli co drugi dzień w Zakopanem pada... Rekordową grubość pokrywy śnieżnej zanotowano na Kasprowym Wierchu 15 kwietnia 1995 r. - 355 cm. Na szczęście 40 % opadów dociera na ziemię w postaci śniegu, na co turyści i wczasowicze na ogół nie narzekają (w przeciwieństwie do miejscowych kierowców i służb drogowych).

Zaletą klimatu zakopiańskiego była, często podkreślana, niewielka ilość wiatrów: średnio 295 dni w roku charakteryzuje się zupełną ciszą lub wiatrami nie przekraczającymi prędkości 3 m/sek. Dziś, gdy tak bardzo wzrosło zanieczyszczenie powietrza, brak wiatrów raczej szkodzi osobom przebywającym w Zakopanem. Przeważają wiatry zachodnie, chłodne, nazywane tu "orawskimi". Zjawiskiem typowym dla regionu podgórskiego jest wiatr fenowy (w Alpach zwany föhnem), tzw. halny (nigdy halniak!), o charakterze lokalnym. Powstaje on w Tatrach, gdy na zachód od nich jest ośrodek niskiego ciśnienia, a na wschód - wyż. Wówczas masy powietrza, przemieszczając się z południa na północ, napotykają na swej drodze pasmo tatrzańskie i wznosząc się, ochładzają się o pół stopnia na każde 100 metrów, a zawarta w nich para wodna ulega skropleniu, co widać w postaci ciężkiego wału chmur nad Giewontem i Czerwonymi Wierchami. Pozbawione wilgoci powietrze spada na północną stronę Tatr i ogrzewając się o 1 stopień na 100 metrów różnicy wysokości, uderza na dolne części Tatr i Zakopane. Największą siłą wiatru halnego zanotowano w czasie słynnego huraganu 6-7 maja 1968 r., kiedy to orkan, wiejący z szybkością 280 km/godz. powalił wiele set hektarów tatrzańskim lasów. W samym Zakopanem halny robi również wielkie szkody łamiąc drzewa, niszcząc dachy i wybijając szyby.

Halny nad Giewontem fot. Borys Wigilew (fot. arch. Muzeum Tatrzańskiego)

W dni poprzedzające uderzenie halnego wiatru zwiększa się pobudliwość nerwowa ludzi w rejonie Podhala, a osoby, cierpiące na schorzenia układu krążenia czują się zdecydowanie gorzej. Zmniejszone ciśnienie atmosferyczne, charakterystyczne dla Zakopanego, jest także niezbyt bezpieczne dla chorych na serce - zwłaszcza, że ma ono niekiedy charakter skaczący.

Ogólnie klimat Zakopanego ma charakter "bodźcowy", przyspiesza przemianę materii, poprawia samopoczucie i pomaga w leczeniu wielu chorób. Niemniej jednak, z uwagi na drastyczną różnicę klimatu i położenia geograficznego Zakopanego i Tatr w stosunku do reszty tej części Europy - przed przyjazdem w te strony warto przyjrzeć się własnemu zdrowiu i, w razie jakichkolwiek problemów, skonsultować się z lekarzem.